我们都知道，药剂在选矿过程中的应用十分广泛，然而在选矿药剂研究生产以及应用的过程当中，人们只注重了它的技术所带来的经济效益却忽略了它带给人类的生产环境方面的危害。由于选矿药剂对于生产环境的污染十分复杂，有间接危害、直接危害和相互作用造成的对生态环境的破坏等等。这种生态破坏对于人类的健康以及农业生产和渔业生产带来了及其严重的危害。
其一，直接的危害，由于选矿药剂本身存在着有害物质，且毒性较大，所以在选矿中一些难分解的重金属和有机化合物（如硫化物、钠、黄要药），它们破坏了生物体中正常生理生化的过程，通过食物链的逐层富集，能够造成人体慢性中毒。
其二，间接危害，是因药剂的本身无毒，但是具备腐蚀性，有些还以溶解状态进入自然环境中，改变环境的ph值，改变生物的生长、改变土壤的性质或造成水土流失等，然而有些选矿废水中还含有大量的悬浮物质，*不易沉降，若果将其用作自然水灌溉，也会导致土质恶化，减少农业生产产量。记得1998年，河北一家选厂将其悬浮物在2500mg/L的污水，未经处理排入附近的河流，当地的农民用这些混有废水的水灌溉小麦，导致周围几千亩小麦不生长。
另外，还有一种是药剂本身无毒，但是其使用与排放增加了有机化合物，降低了水中的溶解氧，从而大大增加了自然水中的生物耗氧量和化学耗氧量，使得水质恶化。
对于鱼类，它主要就是依靠水中的溶解氧和饵料生存，如果有大量的药剂水融入，消耗掉水中的溶解氧，造成水质污染，鱼类便会失去饵料，并且得不到水中的溶解氧。当然还有一些无机的矿物药剂，能够使鱼变畸形。如果人类食用了这些鱼会怎么样？目前，我国已有很多河流都是因选矿的污水污染，造成鱼虾绝迹的。
如今的污染事件频频发生，选矿药剂的危害也被人们热议、关注，为此，选矿行业加大力度，来防治药剂对生态环境的污染。
目前，有一种方法是将选矿废水回收再利用，这样既可节省选矿药剂，也大量的节省了新水的补给。（目前市面做废水回收效率较好的是烟台鑫海尾矿干排工艺，它利用浓密机、水力旋流器、脱水筛等设备，可将其尾矿浓缩脱水至15%以下，回水率非常高）这种方法不仅有利于保护环境，也缓解了水资源缺乏的问题。
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