孵化室的环境卫生是非常重要的，如果环境不好会直接降低雏鸡出壳率。尤其是在消毒这方面重要。
孵化室每天用消液喷洒地面一次，每次出鸡前对孵化室四壁、棚顶、孵化器、出雏器外壳及顶部用0.3%百毒杀进行一次喷雾消毒。
装雏盘、箱每次使用前用熏蒸消毒法消毒。工作人员讲究个人卫生，室内必须穿戴工作服，出入更换，脚踏消毒池;孵化室每出完一批雏必须将室内所有器具进行*冲洗、药液浸泡、擦拭干净，干燥后熏蒸消毒;每次入孵、照蛋、落盘、扫盘后遗留下来的蛋壳、破损蛋、蛋内容物要尽快清除并无害化处理。孵化室谢绝参观。
种蛋在孵化前期，养殖户需保证种蛋干净，因此对种蛋需进行消毒：
(1)种蛋消毒：种蛋孵化前可用0.1%*或0.02%的新洁尔灭溶液浸泡消毒，也可用福尔马林蒸气熏蒸30分钟消毒。操作方法是每立方米容积用福尔马林14毫升，*7克，常水7毫升，熏蒸30分钟。也可每立方米容积用过醋酸1克，熏蒸20-30分钟。
土鸡种蛋消毒程度。蛋产出后会或多或少地污染，蛋壳上会附着很多细菌，随时间的推移，细菌数量迅速增加，有些细菌通过蛋壳膜进入壳内，污染种蛋。因此，必须对种蛋进行认真消毒，而且越早越好。种蛋消毒方法很多，但效果好、常用的还是用甲醛熏蒸消毒法。
(2)孵化器、蛋箱、蛋盘消毒：先用0.1%新洁尔灭或0.2-0.5%过醋酸溶液浸泡，再在封闭室内20℃条件下，用福尔马林熏蒸5-10小时，每立方米容积用福尔马林14毫升，*7克，水7毫升。
鸡苗孵化后期都要经过凉蛋这一过程，养殖户在凉蛋时可以按照以下方法进行：
1、凉蛋的目的 驱散孵化机中的余热，让胚胎得到更多的新鲜空气，同时给胚胎冷刺激，促进胚胎发育。
2、凉蛋的要求 在较冷的天气，孵化机供温稳定，通风良好，机内不超温，可以不凉蛋。在高温季节孵化，整箱入孵上蛋量较大，通风不良时需进行凉蛋，尤其是孵化后期胚胎物质代谢加强，自温超温时应加强凉蛋，每天上、下午各一次，每次15~20分钟。
3、凉蛋对孵化效果的影响 一般情况下，凉蛋对孵化率影响不大。但在高温季节，整箱入孵时，内温度超温不进行凉蛋，则会引起死胚和弱雏增加，孵化率下降。
4、凉蛋的方法 将的气孔或门窗打开，关闭电源，让胚蛋温度下降。凉蛋时用眼皮测温，以蛋贴眼皮，感觉微凉(32℃~35℃)即可，然后再徐徐给温，逐渐达到孵化所需要的温度。
在一次照蛋过程中，种蛋通常会出现以下几种异常现象，供大家参考：
一、种蛋的气室大，死胎多，多出现血线和血环，有时其粘于蛋壳上，散黄多，“白蛋多”。通常是种蛋贮存时间过长所致。
