无菌吹灌封机器置于特定的洁净区域中，粒径0.5μm或更大（或相等）的颗粒等级在静止状态低的要求要达到标准。
新一代的吹灌封机器可以在明显降低的粒子水平环境中操作。局部灌装环境或层流，要有更高的等级，粒径0.5μm或更大的颗粒等级低要求达到M3.5。
在机器静止状态下，总颗粒水平应该满足所要求的规定并用激光粒子计数器（或其他合适的装置在规定的时间间隔内进行测量以表明一直能符合要求）。但是，操作中可存活的污染程度是重要的。对可存活的污染物进行微生物监测须与正常动态活动的常规生产一致。和传统的无菌灌装一样，洁净区域内的可存活的污染物应该用有效的常规清洁、消毒方案以及采用由经培训人员的洁净室操作来加以控制。吹灌封技术有其操作优越性，可以使洁净区内的人员不必一直在场。但是，操作者需进入该区域启动机器并在必要时做一些常规调整以维护机器。一些欧洲论坛要求，进人M5.5 (FS209E) 等级洁净室穿着洁净服的标准，同样也适合较高等级洁净室M3. 5 的要求。
正如用传统的无菌灌装一样，为了符合制药G M P 要求，在生产的所有环节减小污染是重要的。原料应该具有髙质量并进行微生物污染检测。产品生产过程中使用的水，应该是低生物负载和高纯度的（虽然这种要求依赖于所生产的产品本身特性，使用注射用水比较好）。对于每批产品在不同的生产阶段，应建立生物负载的测试方法和记录。虽然这需视生产工艺而定，但至少应包括在任何灭菌过滤前对大量溶液的生物负载进行分析。应该限定非灭菌环境中大量溶液（通常在混合罐内）的最长使用时间，以防止生物负载增加而超过可接受的水平。此阶段的生物负载检测应该对持续阶段最后的样品进行取样来获得在环境下的数据。
为了准备好生产机器，尤其是象现场清洗（CIP) 和在线蒸汽灭菌（S I P )等相关活动，吹灌封技术常常会导致相当长的机器停机时间。为了从完整性和外观上可以让人接受正确灌装容量的药物剂量，必须对机器进行初始调整以满足连续生产。因此，一旦调试完成，就有利于进行大批量样品的灌装。在整个液体制备的所有阶段，为了更容易保持低生物负载，常规方法是将大量产品用灭菌级过滤器过滤后放在已灭菌的容器中。这些已灭菌的溶液随后就送料进人灌装机，这样不会使微生物水平升高。灌装机上靠近灌装点的部分需要更进一步的无菌过滤。可能会在进一步过滤前的灌装阶段装一个取样装置。在长时间的批量生产中，这会在过滤最终阶段前给出数据以确认产品的低(或零）生物负载。 吹灌封容器是用未加工过的高级聚合物粒子制成的，就容器的灭菌而言，已对挤压工艺的破坏性进行了研究，在验证部分对最近的研究结果进行了讨论。聚合物粒子的生物负载试验是为了建立生物负载的底线数据。如果加工存储得当，未加工过的聚合物应该是低生物负载的。
