1.奶牛分群不合理目前，国内很多小型集约化奶牛厂采用了TMR技术，但在使用过程中忽视了奶牛分群，只着重日粮的精细化配置，而不分群直接后果则会造成奶牛体况发育不均衡。
2.牛舍的不适宜性在实际生产中，牛场投资者和管理者受限于意识或经济承受能力，要么照搬国外的模式，要么因循守旧，总之不能结合不同规模、不同牛舍的建筑条件而灵活应用。
3.配套设施不到位由于前期规划不合理，往往造成新建奶牛场在牛场建筑与牛舍环境控制上不规范，相应配套设施不完善，从而造成管理不便。
4.饲料混合不当如果饲料在混合时出现错误，则将造成食槽中的饲料与配制的日粮不同。避免出现混合不当的一个较好的方法是定期对已混合好的饲料进行采样分析。
另外，混合过度的日粮也会影响饲养奶牛的健康。一般TMR饲料混合应在所有饲料原料加入后10min内完成。混合过度将造成各种饲料成分的分离、缩小饲料尺寸和过分研磨饲料。并进一步导致消化不良、真胃移位、蹄叶炎和乳脂率低下。
5.粗饲料水分测定生产中，如果在配合之前未测定粗料的含水分，则直接影响TMR日粮的质量。水分含量决定着TMR日粮的干物质含量，如低估粗料的含水量，则造成日粮粗纤维不足。
6.粗料自由采食控制如果TMR中缺乏有效的粗纤维，则应单独补充干草。一般说来，单独补饲不超过2.3kg的干草是被营养学家所接受的。然而，单独饲喂干草也许会造成更多的问题。当奶牛有机会在TMR饲料和干草之间作出选择时，问题比较突出。
7.补充料添加与粗料喂量过少国内推广TRM技术方兴未艾，TMR用户使用初期往往对TMR能否提供奶牛所需的全部蛋白质及能量产生怀疑，因而他们有过分添加补充料的倾向。这使得TMR再一次变成了不平衡的饲料，造成饲料浪费和成本上升。另外，粗料喂量过少的现象也普遍存在。在奶牛无法吃光TMR时，生产者想方设法确保奶牛吃到足够的精料及蛋白补充料，从而减少粗料的喂量，以便奶牛能吃完所有的饲料。
