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首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥与农家肥(生鸡粪)、磷酸二铵复合肥配比要合理 给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全(根据瓜果种类不同合理配比)。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多(18个氮、 46个磷)，复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
由于农业的现代化水平越来越高，有机食品越来越受到了人们的重视。随之重视的便是生态农业。因为只有生态的农业才能生产出生态的食品。在这一方面，无论是从国家政策支持的力度上，还是在实际的行动中，国家都对此投入大量的支持。现在我们所了解的有机肥的广泛应用就是一个 的说明。可以说，有机肥以后将逐渐取代其他的肥料，而成为农作物生长中的一个*的肥料。
一看包装，是否规范。包括产品登记证、产品技术指标、产品有效期；
二看物料，是否均匀。产品含水量太高或太低均不利于菌种存活，判断方法：抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。
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三看效果，是否高效。试验方法：加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，第二天拿出来溶化，反复三次，肥料中的菌种将会冻死或大幅度减少；这是用它和将原产品进行比较试验、在相同的田块里观察差异，差异明显是好肥料，差异不明显，表明该产品有问题，建议放弃使用。
（1）一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资。（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长。（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
