当外界温度达10℃~20℃时，水分是种子发芽的首要条件。种子含水量，在贮藏期间为11％~14％，种子水分是以束缚水形式存在，原生质呈凝胶状态，酶处于纯化状态，呼吸十分微弱，呈休眠状态，干燥种子内的细胞原生质属于亲水肢体。因此，当种子放入水中后，就能很快吸涨。这时自由水分增加，为酶的活化、物质的转化提供了条件。
原生质由凝胶转为溶胶状态，为种子萌发准备了呼吸基质（糖类），呼吸增强，产生了能量，为种子萌发和幼苗生长提供了能源。贮藏物质转化，通过子叶维管束将可溶性物质不断地输送到胚中，在种子发芽箱内种子胚细胞分裂和伸长，突破种皮，伸出幼根和幼芽。种子吸水达到自身重量的15％~18％ （以风干重计）时，胚就开始萌动，但萌发进程很慢。
一般水分占种子自身重量的25％（籼稻）或30％（粳稻）为正常发芽所需的水量。为了使种子迅速而整卖发芽，预先浸种是十分必要的。浸种所需时间，因品种和温度条件而异，一般达到萌发要求的zui适水分所需时间，水温30℃时约需30小时，水温20℃时需60小时左右，水温15℃时则需100小时以上。粳稻吸水慢，浸种时间长；籼稻吸水快，浸种时间短。浸种时间过长，胚乳养分易外渗损失，且由于无氧呼吸所积累的过量酒精会危害种芽。
